So hielt er bewusst kirchliche Einflussnahme aus seiner Jugendarbeit fern. Wer nicht mehr Lehrling war, konnte dem Gehilfenverein beitreten. Dieser war weniger behütend, als vielmehr bildend. Der Erfolg gab ihm recht; von anfangs 20 Mitgliedern weitete sich deren Anzahl auf bis zu 200 aus. Ein Beweis für die Anziehungskraft und das pädagogische Vermögen Schultzens.
Die Faszination die von Clemens Schultz ausgegangen sein muss lässt sich nur erahnen. Hierfür sprechen die Hohe Zahl an Konfirmanden von 400 bis zu 600 in einer Gruppe aber auch die nicht minder geringe Zahl der Mitglieder des Lehrlingsvereins. So kamen bis zu 800 Personen zu den 2 mal jährlich stattfindenden Familienabenden. Seine täglichen Sprechstunden waren, wie auch seine Gottesdienste meist überfüllt.
Schultz war nicht nur Pfarrer auf St. Pauli, er war auch Pädagoge und Sozialarbeiter, engagierte sich für die unteren Schichten und schuf eine Grundlage für die Jugendarbeit bzw. Jugendfürsorge in Hamburg. Dies führte zu einem Bekanntheitsgrad über die Stadtgrenzen hinaus. Schultz selbst sah sich – mit ironischem Unterton – als „Dom- und Hofprediger“ und meinte damit den Jahrmarkt auf dem Heiligengeistfeld sowie die Hinterhöfe St. Paulis.
Zu Schultzens Gründungen gehört neben dem Lehrlings- und Gehilfenverein auch eine Krippe, die 1899 in der Wilhelminenstraße (jetzt Hein-Hoyer-Straße) ihre Pforten für die Kleinsten auf St. Pauli öffnete und noch heute in der Langestraße 6a als Kindertagesheim an diese Tradition anknüpft . Am 13. Januar 1914 stirbt Schultz nach einer langwierigen Krankheit.
Ihm zu Ehren wurde ferner ein Jugendheim vor den Toren Hamburgs und eine Strasse auf St. Pauli benannt. Pläne für eine Clemens-Schultz-Gedächtnis-Orgel in der St. Pauli Kirche mussten aus finanziellen Gründen in den 20er Jahren zurückgestellt werden. Die in den 30ern geschaffene H.-H. Jahnn-Orgel galt inoffiziell als Orgel zu Schultzens Gedenken.
Als das Grab Schultzens auf dem Friedhof Ohlsdorf aufgelöst wurde, stellte man auf dem Kirchhof den Grabstein als Gedenkstein für Schultz und seine Mutter auf.